いつものようにMTの管理画面にログインすると、Six Apartからこんな告知が出てました。

Movable Type 3.0以降にデフォルト・テンプレートとして含まれている、atom.xmlを生成するテンプレートをそのまま利用していると、2007年に入ってから再構築したときに内容が変わってしまい、ブログの購読者（あなたのブログのAtomフィードを購読している読者）の側で、未読ではない記事が未読として表示されてしまうなどの軽微な問題が起こる可能性があります。どのような問題が起こるか（あるいは起こらないか）は、購読者側のツールによる部分も多く、厳密には特定できていません。以下を参考に、修正をお願いします。

http://www.sixapart.jp/movabletype/news/2006/12/04-1000.html

要するに、AtomフィードのもつユニークなIDが、来年になると変化してしまうため、それがユニークなIDにならず、フィードが変更されてたと解釈されてしまうという問題らしいです。該当するIDタグを考慮している、RSSリーダーなんかだと、既読なエントリーを未読と解釈してしまうという問題が発生する可能性があるみたいです。とりあえず、リンク先の記述にしたがって修正しておきました。